天启三年五月，黄河决口于睢阳、徐、邳一带，上下一百五十里内悉成平地，而朱由校正好再也受不了姚思仁的食古不化，他稍微露出点口风，很快姚思仁就自请致仕。天启三年七月，朱由校加姚思仁太子太保而致仕，由钟羽正任工部尚书，皇帝命他勘查黄河河道，准备开始治理黄河。
而在这年七月，安南禄州何中蔚入侵广西上思州，围迁隆峒，掠凭祥白沙村，巡抚何士晋督率军击退，将捷报呈于朝。朱由校大怒，派遣使者去责问安南，并在心中决定，一旦抽出手来，就要征伐安南。
安南立即派遣使者前来解释，认为侵犯广西之事纯属何中蔚私自行动，并没有受到安南政府的指使。而朱由校既然已经想要对安南动手，就让礼部提出苛刻的要求：割让安南禄州全部土地并入思明府（上思州所属的府），将何中蔚全家押解到京师，灭其族。
安南对何中蔚及其家人的命运倒是漠不关心，但要割让一州之地给大明，那无论如何都是不可能的，所以安南百般解释，百般拖延，想要到最后不了了之，而这正合朱由校之意，他指示礼部，一定要留个尾巴，作为以后发难的依据。
天启三年九月，皇后张嫣产下一子，朱由校给他取名朱慈燃。他是皇长子，又是嫡子，是无可争议的太子。他的出生，对于大明朝廷来说，是一件最重要的事，万历年间的国本之争让很多大臣被黜落，被廷杖，最后伤心地离开了京师，根本原因就是皇后无子。
而如今皇后生了嫡长子，至少几十年内，大明朝廷的延续将不会出现波折。由首辅方从哲提议，阁臣和六部附议，再在大朝会由众臣一起提出，组建了应该是世界上最严密的太子护卫队。
太子护卫队由三部分组成，第一部分是魏忠贤挑选的太监和宫女，他们负责太子在宫内宫外时的饮食和日常安全；第二部分是勋贵及大臣的刚出生到五岁的男性后代，他们负责在太子两岁后陪伴太子学习；第三部分是由晦明从少林寺找来的小和尚，龙虎山的小道士，都是十岁以下的而且身手不错，将会在太子两岁后负责保护太子的人身安全。
第二三部分现在只是挑选然后进行训练，而第一部分的宫女，都要经过东厂详细调查，家中必须有至亲存活，从来没有出现任何差错的人才能初步选入，而初步选入后还要经过培训，主要是由太医讲解小孩子的食物禁忌，日常身体保健知识，防止受寒的知识，培训后还要进行考试，成绩合格才能最终入选，被称为安全宫女。
而太监也必须是从来没有犯错的有至亲存活的人，而且必须身具武功，被称为安全太监。魏忠贤将方正化从苏州调了回来，担任这第一部分的总管，正式职务是都知监掌印太监，这对于方正化来说，可算是一下子升了几级，已经成为了太监中的最高层了。
方正化带领第一部分共五十个安全太监，五十名安全宫女，来到了坤宁宫。而原来坤宁宫的太监和宫女，也被方正化集中起来，站在院中。
方正化说道：“从今往后，所有人的行动都必须保证至少两人在一起，就是起夜上茅房，也要叫醒一人陪你一起去，如果叫到你，你必须起来相陪。见到一个人单独行动，我们有权力立即击杀。”
说罢他招了一下手，两个安全太监上前搬来一个重约百斤的大石头放在他面前，他一掌拍在石头上，一声闷响，石头破成了几块。
他拍拍手道：“看你们谁的头有这个硬，别怪我没提醒你哟，做什么都要至少两个人一起，包括睡觉，包括吃饭，包括上茅房。我的原则是宁可杀错，不可放过，任何有可能，注意，只要是有可能危害皇后太子的事，我都要把它扼杀在萌芽中。”
“你们中有些人可能极受皇后宠爱，那也是一样，至少两人一起行动，这样会少了很多误会，不要试图用皇后来压我，我是得到皇上的最高授权了的，在皇后太子的安全方面，我只听皇上的，其他人的都不能听，包括皇后，包括两位贵妃。”
他不停地啰嗦这个至少两人一起行动的规矩，远远超过了三令五申的程度，这才让原坤宁宫的宫女太监们解散，然后就是自已带来的安全太监和安全宫女了。
在来之前的培训中和集中训练中，他早就已经强调了这一点，而且都是按安全宫女三人或者两人一组的划分好了。而安全太监则是五人一组，设立一个伍长，五组为一队，设立一个队长，分为两班轮流值守。
现在方正化强调的是进出坤宁宫的人员问题，除了两位贵妃与客氏夫人外，其他外人进入坤宁宫，必须得到皇后或者魏忠贤的允许，而且随身物品必须进行检查。凡属食物，药品等物不得携带入宫。
而安全宫女的职责就是负责皇后与太子的饮食问题，只要是食物的烹调过程，必须有安全宫女在旁边全程观看，而送膳食也必须有安全宫女陪同。至于食物进宫的问题，则是由魏忠贤亲自负责把关。
至于药品，只能由太医提供，而且必须是至少两名太医开方子才行。煎药过程全部由安全宫女负责，其他宫女不得插手。
而安全宫女中还有专门负责试药的人，她们感觉很灵敏，很容易尝出药物中的异味。而经过她们试用后一段时间没有问题，才能给皇后使用，而太子的药物则必须由太医院院长带领至少两名太医开出药方，还要由皇帝同意，才能服用。
对于这样繁复的保护措施，朱由校其实是有些不以为然的，在他看来，皇宫中又怎么会有人想要害皇后或者太子呢？其实完全不用搞得如此草木皆兵吧。
只是他刚刚表达出一点点意思，立刻遭到了两位贵妃（自从段英生下公主后，段英和王婉都被封为贵妃），客氏，李康妃，李端妃的一致反对，她们都被万历年间的梃击案吓坏了，认为对太子的安全，不管如何重视都不为过。