后来梁芳一直没有被启用，但比起明武宗的八虎下场，已经是阿弥陀佛了。
李孜省，下诏狱死。
僧继晓，被处死。
哪怕是活神仙、野狐禅，在天下一统的皇权面前也是没发力就倒下了。
大清洗了超自然力量，接着，孝宗皇帝开始整顿吏制，将成化朝通过贿赂、溜须拍马发迹的官员一律撤换，改革首先从内阁开始，罢免了以外戚万安为首的“纸糊三阁老”。
同时，孝宗大量起用儒家之士。象王恕、怀恩、马文升等在成化朝由于直言被贬的官吏；徐溥、刘健、谢迁、李东阳等贤臣。为于谦建旌功祠，使得无论是朝中还是宫中都为之一新，儒家时称朝序清宁。以儒家代替佛道的弘治初政，给成化后期混乱的朝廷打了一针兴奋剂，而这位皇帝又表现地宽和善良，朱祐樘即位后，追谥生母李唐妹为“孝穆慈慧恭恪庄僖祟天承圣皇太后”，并迁葬茂陵别祀奉慈殿。孝宗怀念太后，遣太监蔡用寻访太后家人，先后三次派出官吏秘密寻查，三次均无功而返。却对当初迫害其生母的万贵妃家人，表现了极大的宽容。对万贵妃本人，也没有听从臣下的建议对她削溢议罪。
孝宗在内政治道上最主要的措施是大力兴修水利，发展农业，繁荣经济。弘治二年五月，开封黄河决口，孝宗命户部左侍郎白昂领5万人修治。弘治五年苏松河道淤塞，泛滥成灾。孝宗命工部侍郎徐贯主持治理，历时近三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。由于幼年生活的坎坷，孝宗一直身弱多病。但孝宗却勤于政事，不仅早朝每天必到，而且重开了午朝，使得大臣有更多的机会协助皇帝办理政务。同时，他又重开了经筵侍讲，向儒家群臣咨询治国之道。孝宗还开辟了文华殿议政，其作用是在早朝与午朝之余的时间，与内阁共同切磋治国之道，商议政事。
孝宗皇帝的勤政终于得到了回报，弘治朝吏治清明，任贤使能，抑制官宦，勤于务政，倡导节约，与民休息，是明代历史上少有的经济繁荣、人民安居乐业的和平时期。被儒家称为“弘治中兴”。孝宗是中国历史上一位罕见的对女色一生淡泊的皇帝，他不仅没有宠妃，而且没有册立过一个妃嫔，只是与皇后张氏过着民间恩爱夫妻式的生活。
当然，孝宗统治的后期，他对佛道产生了极大的兴趣。一方面因为帝王心术，抑制尾大不掉的儒家，同时由于孝宗多难的童年使得他的身体一直不好，他希望通过长生之术能改变自己的身体状况。因此方仙道之辈再次混入宫中，再宦官李广就是其中之一，深得孝宗的庞信。后来李广突然自杀，孝宗以为李广家中有天书，命人搜寻，却搜出了李广贪污、受贿的帐本，孝宗这才醒悟。李广事件唤醒了那个沉睡多年如履薄冰的孝宗皇帝，他开始了生命中第二个，也是最后一个勤政时期。重新远丹门羽士而重用刘大夏、戴珊等儒臣。
弘治十八年，五月孝宗病重，他在弥留之际召儒臣刘健、李东阳、谢迁等入乾清宫接受顾命，命传位于太子朱厚照，并叮嘱诸卿说：“太子人很聪明，但是年龄还小，又好逸乐，诸卿要好好辅佐他，使他担当起大任，朕死也瞑目了。最后给明武宗朱厚照的最后嘱咐是“任用贤臣”。五月初七，三十六岁的孝宗于乾清宫与世长辞。尊谥建天明道诚纯中正圣文神武至仁大德敬皇帝。庙号孝宗，葬首都昌平泰陵。他这一生都贯彻一个儒家的孝字，孝敬父皇，维持传统，以宽仁忠孝为主，他死后被定庙号为孝宗，也正因为此。
虽然因为依靠元朝的黑历史，本来一枝独秀的全真道等派系开始衰落，除了全真七子的道统，其他南宗、五祖派等纷纷独立门户。但在太祖和成祖之后，明朝的历代统治者均一直奉行三教并用和对丹道的优宠政策，只不过是正一道的符箓、武当派的玄武取代了全真道的丹法，成为国家教科书罢了。关于道书的修纂，成祖虽十分积极，但终于功未就即崩殂。仁宗、宣宗相继嗣位，为期甚短，对此未暇顾及。及英宗朱祁镇即位，明代的统治由于经过数十年的经营，已海内富庶，朝野清晨，明英宗乃继承成祖遗志，于正统九年命邵以正督校，始重加订正，增所未备，刊板流布，至正统十年告成，共五千三百零五卷，称《正统道藏》，颁赐天下。
从太祖朱元璋奠定三教并用的基本政策开始，后继者均按照这一旨意行事。终明之世，朝廷对丹道羽士的尊宠起起落落，有时候颇甚于金元，亦不逊于两宋。有明一代，道士被授予真人、高士乃至赐爵封官者为数甚众。尤其在宪宗成化皇帝、世宗嘉靖皇帝当政期间，一些道士位极人臣，威福在手，恩渥终身，且其廕子孙，致使天下士大夫靡然从风。
其时丹道的社会影响之大，地位之高，前所未有。当然也有低谷，因为李广的牵连，儒臣对一切类似的丹道进宫苗头都是从重从快打击。明武宗朱厚照，也就是民间传说风头最劲的正德，历史上很有争议的一位皇帝，最能折腾的皇帝，也是惯用丹道、禅密充斥豹房的，所以他莫名其妙的落水死了。之后是明世宗朱厚熜，嘉靖皇帝很聪明，他虽然痴迷道教、但这位追求长生不老的皇帝学会了放权给儒臣。然后是明穆宗朱载垕，隆庆皇帝，节俭皇帝，太平天子，对儒臣言听计从。
天下本无事，天子垂拱而治，儒臣经略大明，遏制丹道，有黑历史的道门更是变成了逍遥派，明孝宗初，诏礼官议汰的情形再现。那一次，是将道士自李孜省以下真人、高士及正一演法诸道官一百二十三人，俱贬黜。真人降左正一，高士降左演法，追夺印章及诸玉器。道录司留正一等八员，余皆废黜。正一道遭了无妄之灾，幸好在地方，各府历来设道都，纪司，置正副都纪各一人，其中，正都纪从九品，让龙虎山势力苟延残喘。
隆庆年间，儒臣干脆鼓动天子，革张天师一系真人地位，止称提点。从此龙虎山一蹶不振，直到三百年后反而让全真道逆推，这是明太祖始料未及的。
天子平庸，儒臣内阁之间的权力斗争加剧。道门如履薄冰，相比之下，佛门因为有朝廷息事宁人的需要又东山再起，所谓天下名山僧占多，高僧讲经说法，自然要人杰地灵的所在，可惜前人占据了洞天福地，后来者自然把眼睛投向了那些无主之地……什么？已经有主了？那些全真道叛国贼余孽也配姓赵？
大明万历十三年，守望禅师这一脉的祖师，明朝四大名僧之一，憨山和尚想在崂山太清宫前修建一座寺庙，名为海印寺。憨山大师俗名蔡德清，字澄印，法号憨山。浙江全椒人，生于大明嘉靖二十五年公。他17岁于南京报恩寺出家，是幼年时即表现出其聪明智慧：十岁时阅读经史子集过目不忘，喜好诗词曲赋。出家后专心研究佛学宗义，在佛学研究上造诣很深，著述颇丰：著有《法华经通义》、《圆觉经直解》、《大乘起信论直解》、《观楞伽经记》、《金刚决疑》、《肇论略注》、《八十八祖真影传赞》以及《中庸直指》、《老子道德经注》、《庄子内篇注》等经卷十余种，涉及佛、道、儒三教，其门徒还汇编了《憨山梦游集》五十五卷、《憨山语录》二十卷。
憨山大师佛法不可谓不深，他主张禅宗与华严宗融合，并倡导佛、道、儒三教合一，为当时达官贵人们所赞同。万历初年游历首都，被举荐为李太后禳寿祈福，受到太后恩宠。万历十一年，憨山游历至崂山，欲在那罗延窟扩建寺院，因受到地域限制不得不另寻他处。万历十二年他见太清宫萧条凋敝，遂生取代之意。和尚四大皆空，却看不破身后传承，可谓贪念一起，便入魔染。
中国的名山大川，福地洞天，基本上都被神仙霸占着。崂山也不例外。道教在此圈地以后发展得很兴盛，《射雕英雄传》里的丘处机，《倚天屠龙记》里的张三丰都在崂山修炼过。人们都认为在崂山里面住着神仙，所以给这个地方起了个外号：神仙之宅，灵异之府。斯时，崂山太清宫本来的主人早已成了全真道，可是全真道做初一，佛门做十五，万历十三年，憨山耗巨资在太清宫门前修建佛门寺院“海印寺”，从而引发了一场佛道两教的争地官司。
李太后却是妇道人家，信奉擅长超度的佛门，她得知憨山想在太清宫前修建海印寺，派后宫嫔妃出资帮助憨山建寺，风向标一处，自然一路绿灯。明万历十八年，海印寺落成，它矗立在太清宫前，以其雄浑的气势将太清宫遮挡个严严实实，并与太清宫形成了佛道对峙的局面。