朱明几个人分工合作，展开一场拯救两百万人生命的大战：
首先需要大片的土地安置难民。
为了获取土地，旅顺军陆军出动，向连岛北面、西面、南面的陆地进发，没主的土地，直接圈占来开垦，有主的土地尽量使用银子按市价购买，如有官府出面阻挠的，由朱明亲自出面解决。
事实上，因旅顺军以区区五百人就挡住刘泽清九万大军的疯狂围攻，击毙近百倍于自己的明军，凶名早已传遍天下，那还有谁敢出来阻拦，两淮的官府睁只眼闭只眼，况且旅顺军买卖公平，完全按市价计算，绝不亏欠，很快就非常顺利地将上万平方公里内的千万亩耕地圈入旅顺军的控制之下。
在旅顺军保护下，将难民分布在其中，择合适的地点设立安置点，建立邨寨。
土地有了，更重要的是要将难民组织起来。
朱明和黄文昭带着辽东逃出来的人，深入到难民中，以他们在旅顺口逃难时组织保甲选举的经验，将难民们按十户为一保、十保为一甲、十甲为一邨、十邨为一乡的建制模式编组起来，帮助难民们自行选举出保长、甲长、邨长、乡长，邨级的选出五至七人议事长老，乡级的选出七至九人的议事长老，议事长老对邨长、乡长进行监督，本邨乡的重大事宜需要邨长、乡长与议事长老商议表决。
朱明和黄文昭还组织还成立了法院，承担裁决民间的诉讼事宜，黄文昭既要担任大法官，还要制定民法、刑法，并培养律师、法官等人员，忙得团团转。
难民组织起来了，首先要做的事情是防疫检疫，防止爆发大规模的瘟疫，朱明将这个事情交给专业人士——《瘟疫论》作者吴有性去做。
吴有性对此很是上心，带着一帮学生，隔离病人、救治护理病人、教会难民注意个人卫生等等，忙的不亦乐乎。经过一番努力，两三百万人的难民集中，竟然没爆发大规模的瘟疫。
有了制度和组织作为初步保障，朱明等穿越众组织难民们积极开垦耕地，修缮水利，种植番薯、玉米、马铃薯等高产值的农作物。
工欲善其事必先利其器，兵工厂里，田志平带领工匠工人们暂时不再生产枪炮，改为日夜生产镰刀、犁、耙、锄头、粪叉、鱼叉、鱼钩、鱼钓、水车等农具渔具，为农业生产提供工具保障。
此外，工匠们还要带着难民们去按规划修筑房屋、厕所、下水道等设施，保证难民们不会露天而眠。
最重要的事情还是让两百万人能吃饱肚子，刘德化承担了较大的责任，在他的组织下，现在连岛到琼崖之间已有三百多艘大商船在昼夜不断地在海面上运送物资，花了半年时间，将连岛的五十万身体强健的难民运送到琼崖去安置，再将琼崖的稻米、番薯、马铃薯、玉米、水果等物资运送到连岛救济难民。至于商船经过台湾海峡，郑芝龙要收取保护费过路费，在打击郑芝龙的时机未成熟前，刘德化只好忍着心痛先把银子流水般交出去，惹得郑芝龙直夸他大方。
但难民还是源源不断地涌来连岛，运走了五十万，又来了八十万，连岛附近的难民不但没减少，反而变成了两百三十万人，琼崖运来的粮食只是杯水车薪，而新种下的作物还远未到收成的时候。
不得已之下，只好组织难民们去海边河边打鱼、捞鱼、网鱼、钓鱼，并请来有经验的老农，教会难民们辨别可以食用的野菜、树叶，采集一切能食用的野菜、树叶。
为了难民能度过到连岛后的难关，旅顺军暂停了正常的训练，水师派出海船到深海协助难民打渔，而陆军也不敢示弱，派出神枪手，将飞经连岛空域的飞鸟横扫一空，鸟虽小，但也是算是一块肉啊——谈什么环保？先把两百多万条人命保住再说吧！
最后还是大财神刘德化亲自出手，带着大批的真金白银到江南、甚至安南、占城、马尼拉等华夏域外地区，掷下重金大肆收购粮食运回连岛，总算让难民们不至于饿死一人。
大规模的运送粮食、难民，直接刺激到造船业、海运业的发展，连岛、琼崖的造船工场，一年时间里，新船下水，像往海里下饺子一样，造大海船六三百多艘，平均每天下水一艘海船，另外，刘德化还通过汇通银行的运作，筹款在其他地方购买了两百多艘海船，现在的船队数量已突破六百艘，这还不是最大的收获，最大的收获是培养出船员水手五万多人，连同旅顺军水师的一万多水兵及一百多艘战船，形成了颇为可观的海上力量。
到崇祯十六年的年底，经过近一年的努力，在连岛附近，建立了七百多个邨寨，开垦了近两千万亩耕地，安置了足足两百六十万难民，此外，还运送了九十多万人到琼崖开垦屯田。
这样大规模运送几百万人口的行动，北京朝廷因为被李自成、张献忠搞得欲仙欲死，只要旅顺军不直接举起造反大旗，根本没心思理会这档事，而各地官府也抱着多一事不如少一事的心态，任由连岛、琼崖两地安置难民。
连岛、琼崖在海上大规模运送人口、物资的行动中，原本郑芝龙是最高兴的，每一艘船经过台湾海峡都要向他缴纳银子，银子像流水一般流进他的库房，他数银子数到手软，可是到后来，他渐渐觉得不对，派人去调查，发现给他送钱的大财主刘德化运送的难民、物资与大败满清的旅顺军关系密切，把他惊得出了一身冷汗：旅顺军这么强悍，为何还要如此爽快地向自己交银子？是不是暂时忍让一阵，将来连本带利地讨要回去？
当郑芝龙正在不知所措时，随着秋天的丰收因旅顺军安置难民的困难得到一定程度上的缓解，终于开始将征讨郑芝龙扫平东亚海面的事情排上了议事日程。
作为华夏走向海洋的绊脚石，郑芝龙一定是要被搬开的。